اولین بار سازمان نواحی صنعتی، در ۲۱ مرداد سال ۱۳۴۳ به منظور برنامه ریزی و اجرای طرح های مربوط به نواحی صنعتی کشور تاسیس شد و پس از آن در سال ۱۳۴۷ سازمان صنایع کوچک و نواحی صنعتی ایران با هدف توسعه صنایع کوچک و بهبود وضع آن و کمک به سرمایه گذاران مربوط شکل گرفت.
پس از چندین مرحله تغییر نام و اصلاح اساسنامه در نهایت سال ۱۳۸۴ سازمان صنایع کوچک و شهرک های صنعتی ایران مشغول خدمت رسانی به صنایع کشور و به طور خاص صنایع کوچک و متوسط شده است
